Program studi (prodi) Matematika Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo merupakan program studi yang berdiri dan menerima mahasiswa pertama kalinya pada tahun 2015 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 273B/P/2014. Jadi Prodi Matematika baru menerima mahasiswa pada tahun 2015.

Visi Prodi Matematika adalah “Program Studi S1 Matematika yang unggul dalam riset berbasis kesatuan ilmu pengetahuan untuk kemanusiaan dan peradaban di tingkat Asia pada Tahun 2038”.